肝素在臨床血液檢驗中以鈉鹽和鋰鹽為常見，具有獨特的應用價值，肝素螯合力低，對水分子運動的影響小，對血液成分干擾少，不影響紅細胞體積，不引起溶血，所以在多種以全血或血漿為標本的檢驗中，推薦使用肝素作為抗凝劑。
肝素鋰和肝素鈉在臨床上都具有抗凝血的作用，主要用于血栓栓塞性疾病、心肌梗死、心血管手術、心臟導管檢查、體外循環、血液透析等，因為所結合的離子不同，所以它的解離程度等是不一樣的，其中的效果相比肝素鈉的效果更好。
在對ph值、血氣、電解質和鈣離子的檢測中，肝素是唯一可以使用的抗凝劑，而肝素鋰在檢測非鋰離子時產生干擾的可能性最小，所以推薦使用肝素鋰作為抗凝劑，目前在血液檢驗中，肝素鋰正在逐步取代肝素鈉。
用于血液透析后病人生化檢驗
血液透析后病人的血液樣本是很多醫院檢驗科所要面臨的一種特殊樣本，許多檢驗人員面對此類樣本時常常感到束手無策。這是因為透析病人在血液透析過程中，使用了含有肝素的抗凝藥物如低分子肝素鈣等，此時由于血液中含有一定量的肝素抗凝藥物，血液抽取后置于普通管或分離膠/促凝劑管中均極不容易凝固，不易分離出血清。
有報道稱用肝素鋰抗凝血漿與血清檢測血K，其檢測結果分析有偏倚，可能為血樣在離心過程中轉速過高，纖維蛋白絲網羅的血塊中的紅細胞受擠壓破壞溶血，紅細胞內的K離子釋放至血清所致。另血液樣本在轉運和凝固過程中難免有少量的紅細胞破壞，造成血K的輕度偏高。
另有報導用肝素鋰抗凝血漿與血清檢測CK-MB、LDH、GLU等結果有顯著差異，可能系標本有溶血或放置時間過長血糖分解之故。相反肝素抗凝劑有不影響細胞體積，不易造成溶血的優點，不需要水浴放置，可直接離心。肝素鋰抗凝血漿測得的血K、GLU、LDH等，準確地說更接近病人體內的真實濃度。因此盡快建立血漿生化檢驗參考值體系，有助于臨床醫生對患者病情作出準確判斷。
用于常規生化檢驗
研究結果表明，大部分常規生化檢驗項目可用肝素鋰抗凝血漿代替血清，但Glu、K+、Na+、CI-、P3-應建立血漿參考范圍，其余項目可用血清參考范圍解釋血漿檢測結果；Lp(a)、PA、HBDH、LDH、CK、CKMB、IgM等項目不宜用肝素鋰抗凝血漿樣本進行測定，血漿Lp(a)隨著肝素濃度增大而增大。
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